Les Grecs identifiaient la couleur comme étant l'harmonie universelle. Pythagore disait qu'il se servait de la musique, de la poésie et de la couleur pour guérir. Ce n'est qu'à partir des Grecs que l'on a commencé à s'intéresser aux aspects physiques de la couleur.  Vers 400 ans avant Jésus Christ, à partir d'Hippocrate, le père de la médecine, la médecine se sépare en deux clans.

Le clan des mystiques était celui qui continuerait de poursuivre la recherche des secrets de la vie par les lois divines de la création; celui des cliniciens viendrait à bout de la maladie par l'investigation des maladies elles-mêmes. 

Celcius pratiquait la médecine et avait une attitude plus pratique qu'occulte face à la couleur. Par exemple, il prescrivait la médication avec la couleur en tête : il remarquait que certains onguents aux couleurs précises avaient des vertus de guérison. Dans ses observations, la couleur rouge appliquée en onguent cicatrisait les blessures plus rapidement que les onguents de couleurs différentes.

Plus tard, vers 1 000 ans après Jésus-Christ, un Arabe d'Islam du nom d'Avicenne écrivait un document appelé les " Canons de la Médecine ". D'après lui, la couleur était aussi importante pour diagnostiquer que pour guérir. La couleur de la peau, de l'urine, des yeux et des excréments signifiait quelque chose et indiquait la nature exacte de la maladie et également celle de la cure. Il disait que l'homme, comme les plantes, sèche lorsqu'il a perdu ses couleurs. Il utilisait le rouge à profusion parce que selon lui, cela stimulait le sang : il conseillait donc des potions de fleurs rouges. Les potions de fleurs jaunes guérissaient les problèmes de foie et de vésicule biliaire. 

Au début de la Renaissance, l'alchimie, avec ses mystères et ses secrets, plaçait l'art de la guérison au premier plan. Parmi les alchimistes et guérisseurs de ce temps, Paracelce s'y distinguait comme étant un des plus grands. Il disait que le vrai but de l'alchimie n'était pas de transmuter le plomb en or mais bien de préparer des médicaments efficaces. Selon lui, un sang pauvre et contaminé était à la racine de toute maladie. On rapporte qu'il guérissait une multitude d'infections dont l'apoplexie, l'épilepsie, la migraine, l'insomnie, la paralysie, la mélancolie, la fièvre, les ulcères, les palpitations du coeur, la gangrène, la peste, les troubles rénaux, etc... Il nota : 

« La couleur et la lumière sont vitales. Tout ce qui brille de couleur et de lumière a la nature de la vie et la propriété de la lumière est de produire la vie »

Paracelse croyait que la maladie était causée par un manque d'harmonie avec les lois naturelles. Les cures qu'il prodiguait étaient connues à travers l'Europe. Il utilisait la couleur, les vibrations de la musique, les élixirs de couleurs et les herbes. Il recommandait une diète saine et croyait également aux invocations. À cette époque, il encourageait lui-même fortement les cliniciens à retourner aux choses spirituelles et divines, dans leur façon de voir. Il est considéré comme l'un des pères des médecines douces. 

 Après lui sont venus Vesalius, l'anatomiste, Lewenbock et son microscope, et Pasteur. Selon eux, la maladie était causée par une armée de microbes. L'homme croyait pouvoir enfin maîtriser les forces qui le détruisaient; le pouvoir résidait à l'intérieur de lui au lieu d'être dans l'infini du cosmos. Cette façon de voir existe encore aujourd'hui.

L'intérêt de la thérapie par la couleur a diminué avec l'avènement de la chirurgie moderne, le développement des antibiotiques et la guerre contre les microbes.

Vers la fin du XIX^ième siècle, deux Américains, S. Pancoast et E.D. Babbitt ont contribué à faire revivre temporairement la thérapie par la couleur auprès des professionnels de la santé. Pancoast était médecin; il soignait ses patients en se servant de fenêtres de couleurs à travers lesquelles passait la lumière du soleil. Selon lui, un grand nombre de personnes se sont guéries d'une multitude de maladies grâce à cette thérapie. En 1877, S. Pancoast publia un livre intitulé "Blue and Red Light". Dans ce livre, il explique entre autres, comment il utilisait  la couleur rouge pour stimuler le système nerveux et la couleur bleu pour le calmer. À cette époque, la chromothérapie et les chromothérapeutes ont pris une certaine ampleur. 

De son côté, E.D. Babbitt, (un penseur médecin) combinant l'art et la science, écrivait un livre de renommée mondiale : "The Principes of Light and Color", publié en 1878. Certaines des doctrines de cet ouvrage sont encore appliquées de nos jours. Il disait que plus nous pénétrons à l'intérieur des lois de la lumière et de la  couleur, plus elles s'avèrent être un emmagasinage de pouvoirs vitalisants  pour guérir et stimuler l'homme. Selon lui, l'atome était l'épicentre de l'univers et la couleur était produite par son extraordinaire fonctionnement. Il associait le rouge au centre de la chaleur, le principe actif de l'hydrogène; le jaune étant le centre de la lumière, principe actif du carbone; le bleu, centre de l'électricité, est le principe actif de l'oxygène. Depuis, ces notions ont quelques peu changé.

Dans sa thérapie par la couleur, il devait y avoir unité et équilibre. Une condition physique chaude devait être équilibré par une couleur froide; une condition physique froide devait être équilibrée par une couleur chaude.

Il fut l'un des premiers à expérimenter qu'en travaillant avec la couleur sur le corps vibratoire, des changements survenaient dans le corps physique. Babbitt utilisait la même technique que Pancoast. Il travaillait aussi avec une source de lumière artificielle et des filtres de verre coloré.

D'autres continuèrent l'ouvrage de Babbitt. V. Dodson Hessey, d'Angleterre écrivait :

« L'importance de la couleur est qu'elle peut influencer tous les différents aspects de l'être humain, le physique, les émotions, le mental et l'esprit ».

Il utilisait la couleur dans le but de produire l'harmonie et la santé. Plus la vibration des couleurs était élevée, plus elle touchait les émotions et l'esprit; plus la vibration était basse, plus elle touchait le corps et les instincts. Il croyait qu'un jour, toutes les maladies seraient classifiées par leur longueur d'ondes et contrebalancée par la couleur grâce à des calcul mathématiques.